《迷失課后》根據五十嵐藍的短篇漫畫《WorldGatesClipse》改編，由三個獨立故事組成。在《小·旅行》中，愛逃課的有川夕希與遭受家暴的班長絢子結為伙伴，兩人在短暫逃亡途中相互扶持，試圖逃離家庭陰影。《涂鴉上書》講述美術部成員里未因好友古谷退學而失去創作動力，在對方鼓勵下重新執筆作畫，卻遭遇同僚荻野持續不斷的惡意阻撓。《倍音》聚焦即將關閉的高中最后的文化節，優等生橋本里佳與準備留學的黑井通過錄制校園聲景，在孤獨中追尋青春余韻，逐漸靠近彼此內心。三個故事分別圍繞出走、抗爭與告別展開，共同呈現少年群體在成長困境中的自我救贖軌跡。