故事發(fā)生在1999年世紀(jì)末的私立超自然學(xué)院，該校因頻發(fā)靈異事件而聞名。不相信超自然力量存在的新任校長(zhǎng)神代瑪雅（日笠陽子配音）為調(diào)查父親里奇的死亡真相而來。在校園中，她邂逅了自稱來自2012年的神秘男子內(nèi)田文明（水島大宙配音），其穿越時(shí)空的身份與預(yù)言令瑪雅震驚。隨著意外事件接連發(fā)生，瑪雅逐漸接受內(nèi)田所言的真實(shí)性，并發(fā)現(xiàn)他回到過去的真正目的：里奇的研究實(shí)為引發(fā)未來世界毀滅的關(guān)鍵，而超自然學(xué)院正是時(shí)空扭曲的交匯點(diǎn)。兩人最終聯(lián)手阻止災(zāi)難性實(shí)驗(yàn)的啟動(dòng)，瑪雅也在真相揭露過程中直面父親理想與現(xiàn)實(shí)的矛盾，在改變歷史的同時(shí)重塑了對(duì)超自然現(xiàn)象的認(rèn)知。