今天開始就是中學一年級了。將學校中……不對，是世界中的巨人驅逐出去！懷著這樣的夢想與希望迎來開學典禮早晨的艾倫，立刻又睡過去了。被青梅竹馬的三笠叫起來，在馬上就要遲到時才飛奔出家門的艾倫在上學路上疾馳，途中遇到了薩莎、讓、康尼等來自其他小學的人們。“這就是進擊中學嗎”艾倫等人仰望的是高聳入云的巨大墻壁和校門。進入這里的話，開學典禮就近在眼前了。但艾倫并不知道，這所學校有著人類決不能違逆巨人的校規——實際上該校規特指校園內隱藏的三座圍墻后生活的特殊學生群體，其中包含以女巨人身份聞名的轉校生。故事圍繞艾倫等人試圖對抗卻屢次失敗的經歷展開，最終在畢業典禮前夜的混亂中揭曉所有巨人角色的真實身份。究竟艾倫能否驅逐巨人？！？