白蓮教徒在滿清大臣納蘭元述（甄子丹）指使下，以“扶清滅洋”為名在廣州街頭暴力襲擊洋人機構及無辜平民，其暴行激怒黃飛鴻（李連杰）、十三姨（關之琳）與梁寬（莫少聰）。醫學會議上，黃飛鴻結識革命黨領袖孫文（張鐵林），認同其救國主張后決意協助革命黨脫險。黃飛鴻率眾突襲白蓮教總壇，擊敗九宮真人并戳破其裝神弄鬼的騙局。目睹國家積弱民眾愚昧，黃飛鴻憤而與納蘭元述展開生死對決，在最終決戰中將其擊斃，革命黨人得以繼續推進救國事業。