小蘭的好友原子家所屬鈴木財團即將公開展出其家族珍藏的沙皇尼古拉二世遺物——鑲嵌著羅曼諾夫王朝雙胞胎公主肖像的"回憶之卵"，這顆彩蛋內部更藏有記載皇室秘密的信件。怪盜基德在預告函中以雙關謎語宣告將在展覽首日午夜盜取寶物，原子因此委托毛利小五郎協助安保工作。柯南與小蘭到場后發現基德的謎題暗藏玄機，恰逢大阪府警本部長之子服部平次亦受托前來協助，兩位偵探決定共同破解謎題。通過解讀基德留下的撲克牌線索，眾人逐步揭開其真實目的是為尋回曾祖父作為皇室密探時遺失的關鍵物證，而這場爭奪背后竟牽涉到雙胞胎公主后裔的特殊血脈。在圍繞彩蛋展開的智斗中，柯南和平次必須趕在基德得手前解開百年皇室之謎。