故事發生在海濱小鎮玻璃浦的"綠巖莊"旅館,帝都大學物理學副教授湯川學(福山雅治飾)因公到訪期間,與常客男孩恭平(山崎光飾)建立了特殊聯系。冢原正次(鹽見三省飾)的遺體在海岸碎石灘被發現,這位退休刑警生前為追捕殺人犯仙波英俊(白龍飾)而入住旅館。盡管現場存在諸多疑點,警方仍判定為意外墜落事件。岸谷美砂(吉高由里子飾)警官帶隊展開復查時,意外發現素來回避案件的湯川主動提出協助調查。隨著偵查深入,湯川通過恭平反常的行為模式及旅館建筑特性推演出真相:冢原實為仙波所殺,其作案動機與二十年前未結案件存在關聯。在揭露真相過程中,湯川既維護了科學理性原則,又展現出對人性復雜面向的深刻洞察。