故事發生在海濱小鎮玻璃浦的"綠巖莊"旅館，帝都大學物理學副教授湯川學（福山雅治飾）因公到訪期間，與常客男孩恭平（山崎光飾）建立了特殊聯系。冢原正次（鹽見三省飾）的遺體在海岸碎石灘被發現，這位退休刑警生前為追捕殺人犯仙波英俊（白龍飾）而入住旅館。盡管現場存在諸多疑點，警方仍判定為意外墜落事件。岸谷美砂（吉高由里子飾）警官帶隊展開復查時，意外發現素來回避案件的湯川主動提出協助調查。隨著偵查深入，湯川通過恭平反常的行為模式及旅館建筑特性推演出真相：冢原實為仙波所殺，其作案動機與二十年前未結案件存在關聯。在揭露真相過程中，湯川既維護了科學理性原則，又展現出對人性復雜面向的深刻洞察。