少女戰士法尼婭在廢墟中遇見自稱"導師"的失憶少年，兩人因共同對抗侵蝕世界的異生體而結伴同行。隨著調查深入，他們發現這些由污染能量凝聚的怪物與某個秘密實驗計劃存在關聯。與此同時，名為"斯露德"的少女戰士被神秘勢力操控成為實驗容器，其戰斗能力正被暗中改造為毀滅性武器。法尼婭與導師在解救斯露德的過程中，逐步揭露了異生體制造者企圖通過污染循環控制人類生存空間的陰謀。在反抗組織"蒼穹之翼"協助下，眾人掌握了凈化污染核心的技術，并喚醒了斯露德被封印的戰斗記憶。最終三人在極地要塞展開決戰，通過引爆凈化裝置逆轉了污染擴散進程，為人類奪回大氣層控制權奠定了基礎。