少女戰(zhàn)士法尼婭在廢墟中遇見(jiàn)自稱"導(dǎo)師"的失憶少年，兩人因共同對(duì)抗侵蝕世界的異生體而結(jié)伴同行。隨著調(diào)查深入，他們發(fā)現(xiàn)這些由污染能量凝聚的怪物與某個(gè)秘密實(shí)驗(yàn)計(jì)劃存在關(guān)聯(lián)。與此同時(shí)，名為"斯露德"的少女戰(zhàn)士被神秘勢(shì)力操控成為實(shí)驗(yàn)容器，其戰(zhàn)斗能力正被暗中改造為毀滅性武器。法尼婭與導(dǎo)師在解救斯露德的過(guò)程中，逐步揭露了異生體制造者企圖通過(guò)污染循環(huán)控制人類(lèi)生存空間的陰謀。在反抗組織"蒼穹之翼"協(xié)助下，眾人掌握了凈化污染核心的技術(shù)，并喚醒了斯露德被封印的戰(zhàn)斗記憶。最終三人在極地要塞展開(kāi)決戰(zhàn)，通過(guò)引爆凈化裝置逆轉(zhuǎn)了污染擴(kuò)散進(jìn)程，為人類(lèi)奪回大氣層控制權(quán)奠定了基礎(chǔ)。