秘密行動組第三季開始于Jonas逃往巴拿馬途中遭遇政府刺客追殺的緊張局勢。在華盛頓，Col.Ryan展開調(diào)查試圖揪出幕后黑手以挽救瀕臨瓦解的行動組。與此同時，Tiffy冒險(xiǎn)前往監(jiān)獄探視深陷囹圄且身心受創(chuàng)的丈夫Mack，試圖修復(fù)瀕臨破裂的婚姻關(guān)系。Kim在將子女妥善安置后重返德克薩斯，但隨即發(fā)現(xiàn)已被CIA納入嚴(yán)密監(jiān)控范圍。面對雙重壓力，Jonas帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)在持續(xù)逃亡過程中展開反向追查，既要破解組織遭滲透瓦解的真相，又要定位被秘密關(guān)押并遭受酷刑折磨的關(guān)鍵成員Mack。最終季末發(fā)展揭示，行動組長期執(zhí)行的秘密任務(wù)觸及了政府高層不可告人的核心利益，這場針對整個團(tuán)隊(duì)的系統(tǒng)性清洗行動背后，隱藏著足以顛覆國家情報(bào)體系的巨大陰謀。