秘密行動組第三季開始于Jonas逃往巴拿馬途中遭遇政府刺客追殺的緊張局勢。在華盛頓，Col.Ryan展開調查試圖揪出幕后黑手以挽救瀕臨瓦解的行動組。與此同時，Tiffy冒險前往監獄探視深陷囹圄且身心受創的丈夫Mack，試圖修復瀕臨破裂的婚姻關系。Kim在將子女妥善安置后重返德克薩斯，但隨即發現已被CIA納入嚴密監控范圍。面對雙重壓力，Jonas帶領團隊在持續逃亡過程中展開反向追查，既要破解組織遭滲透瓦解的真相，又要定位被秘密關押并遭受酷刑折磨的關鍵成員Mack。最終季末發展揭示，行動組長期執行的秘密任務觸及了政府高層不可告人的核心利益，這場針對整個團隊的系統性清洗行動背后，隱藏著足以顛覆國家情報體系的巨大陰謀。