櫻羽一時刻意回避著忍者存在的可能性，堅信自己只是個普通高中生。直到甲賀忍族突然對他展開獵殺，這個認知被徹底顛覆——他竟是伊賀流派第十九代正統繼承人。為對抗甲賀的侵略陰謀，一時被迫踏入暗影中的忍者世界，在伊賀長老指導下進行嚴苛訓練。隨著水遁術的覺醒與禁術卷軸爭奪戰的展開，他逐漸發現甲賀首領竟是自己兒時救命恩人。在守護同伴與直面血脈宿命的抉擇中，伊賀與甲賀延續百年的血仇真相逐漸浮出水面。當預言中的"雙月之災"臨近，一時必須在兩族決戰前解開先祖留下的「忍神碑」之謎，而他體內沉睡的伊賀秘術最終覺醒時刻，將決定兩大忍族的命運走向。