平行世界的真實意圖逐漸揭曉，二十年前的嬰兒置換事件成為矛盾核心——彼時Peter被帶離原世界的行為激化了Walternate部長對主世界的仇恨。雙生Olivia的命運在此刻產生劇烈碰撞：作為置換代價的本世界Olivia被困在自由女神像內的精神控制裝置中反復遭受洗腦，而潛伏于主世界的平行Olivia雖最終逃脫囚籠，卻發現關鍵時空裂縫已被琥珀封存于劇院深處。隨著記憶漸次流失，她不得不面對日益激增的變形人引發的超自然案件，而Walternate通過激活遠古機器啟動的終極計劃正逐步成型。主世界的Olivia在Fringe團隊協助下試圖重建記憶錨點，與此同時兩個世界間此消彼長的能量失衡正引發不可逆的坍縮危機。