《魔法少女與惡曾是敵人。》講述了邪惡組織"阿比基姆社"的參謀官克勞斯與魔法少女艾米莉亞相遇后的命運(yùn)轉(zhuǎn)折。作為以征服世界為目標(biāo)的冷酷戰(zhàn)略家，克勞斯在初次交鋒中意外對(duì)艾米莉亞萌生愛(ài)慕之情。此后他在策劃滅殺魔法少女、研發(fā)魔力抑制裝置等邪惡計(jì)劃的同時(shí)，仍堅(jiān)持為艾米莉亞遞送草莓蛋糕、在戰(zhàn)斗間隙關(guān)心其傷勢(shì)。這種矛盾行為導(dǎo)致組織內(nèi)部對(duì)他的忠誠(chéng)度產(chǎn)生質(zhì)疑：當(dāng)資深干部佐爾格試圖俘獲艾米莉亞時(shí)，克勞斯故意泄露囚室密碼；面對(duì)直屬部下成功捕獲的目標(biāo)，他卻以"實(shí)驗(yàn)體需保持活性"為由當(dāng)場(chǎng)釋放。隨著世界支配裝置啟動(dòng)日臨近，克勞斯在執(zhí)行最終指令與守護(hù)愛(ài)人之間的掙扎逐漸白熱化，這場(chǎng)裹挾著統(tǒng)治野心與少女甜點(diǎn)的錯(cuò)位攻防戰(zhàn)持續(xù)升級(jí)。