《特殊失蹤專案組：失蹤的黑色M》以1%極端罕見的惡性失蹤案件為背景，聚焦FBI出身IQ高達187的天才刑警吉秀賢（金康宇飾）與本土實戰派刑警吳大榮（樸熙順飾）組成的專案組搭檔。兩人在限期破案的壓力下，追蹤涉及連環模仿犯罪手法的失蹤案件時，發現所有線索均指向看似完美卻暗藏系統性漏洞的社會結構。隨著調查深入，吉秀賢母親二十年前的失蹤疑云與現案形成鏡像關系，而以黑色M為代號的犯罪者真實身份竟與警方內部存在復雜勾連。劇集通過懸疑案件逐步揭露醫療腐敗、權力庇護等社會陰暗面，在尋找失蹤者物理位置的同時，展開對制度性正義缺失的深層追索。最終專案組以突破常規調查手段瓦解犯罪網絡，并促使相關失蹤者法案得以修訂。