《疑犯追蹤第三季》延續前作設定，繼續講述"法律上已宣布死亡"的前CIA特工Reese受雇于神秘億萬富翁Finch，運用尖端監控技術打擊犯罪的故事。軟件天才Finch開發的"機器"通過模式識別鎖定潛在暴力犯罪者，兩人游走法律邊緣，以Reese的特工技能和Finch的資源在犯罪發生前阻止危機。NYPD偵探Carter與警探Fusco持續追蹤他們的行動，同時發現政府大規模監控體系的黑暗真相。第三季劇情升級引入失控的對立AI系統Samaritan及其幕后勢力，該系統將Finch列為首要清除目標。Reese與Carter被迫聯手對抗政府機構追捕，在保護"機器"核心代碼的同時揭露國家安全局的秘密計劃。Finch遭綁架后，團隊吸收黑客專家Root協助作戰，雙方圍繞城市監控網絡的控制權展開正邪較量。