某日沖繩海域出現類似鬼海星的神秘生物，其毒液導致漁民受傷并迅速蔓延全日本。該生物實為傳說中尼拉伊卡納古代文明為治理污染創造的生體凈化系統失控產物——怪獸達加拉復活前兆。艾利亞斯姐妹為阻止危機趕往石垣島，發現當地少女保護著尼拉伊卡納文明小生物戈戈，并與覬覦遺跡寶物的密獵者發生對峙。眾人根據傳說分組前往戈戈指引的海底金字塔遺跡，此時達加拉已登陸石垣島肆虐。摩斯拉與達加拉展開空戰后陷入海中激斗，被對方釋放的無數貝勒姆寄生纏身。危急關頭戈戈喚醒遺跡中的生命之水，使摩斯拉進化成彩虹形態重獲戰力。在密獵者與少女們突破遺跡機關時，達加拉突襲金字塔，戈戈通過全息影像確認少女汐里為秘寶繼承者。摩斯拉再度進化成水形態追擊海底，在分身攻擊中摧毀達加拉體內貝勒姆，最終與其和解。遺跡與怪獸共同消亡后，摩斯拉恢復原形返回嬰兒島，地球重歸和平。