日本著名造船公司八代商船設計制造了旗下第一艘豪華郵輪愛芙羅黛諦號，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請各界名流參加，上至首相下至富豪悉數前來。鈴木園子的父母因行程安排無法出席，園子遂邀請毛利小五郎、小蘭、柯南等好友共同登船。藍天白云下眾人享受著美酒佳肴，然而平靜航程被突發的綁架案打破——園子在甲板昏迷后遭神秘人劫持。與此同時，八代商船女社長貴江被發現陳尸套房浴缸，董事長八代延太郎離奇失蹤。此前貴江丈夫八代英人剛因心臟病墜崖身亡，而這一連串死亡與失蹤事件均指向十五年前該公司貨輪沉沒導致百人喪生的舊案。柯南通過現場遺留的金屬紐扣、船體震動規律等關鍵證據，最終揭穿八代延太郎為掩蓋當年沉船真相而策劃的連環陰謀。當郵輪駛入能登半島海域時，延太郎試圖引爆船上燃料庫之際被當場制服，園子亦在千鈞一發之際獲救。