由于童年的悲慘遭遇，直枝理樹（堀江由衣配音）的個性變得十分孤僻。長著一張娃娃臉，沉默寡言，沒有朋友，這樣的理樹成為了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲嬌愛貓如命的棗鈴（民安智惠配音），正直開朗穩重可靠的棗恭介（綠川光配音），四肢發達頭腦簡單的井之原真人（神奈延年配音），成熟勇敢劍術一流的宮澤謙吾（織田優成配音）四人出現在了絕望的理樹面前。他們自稱“LittleBusters”，是由特殊實驗創造的人造生命體，受命于神秘組織對抗威脅地球的外星生命。在利用理樹的特殊感知能力完成各項戰斗任務過程中，原本封閉自我的理樹逐漸被同伴們的執著與溫情感染。隨著團隊接連擊敗潛藏在日常中的異星威脅，成員們背負的實驗體身份與生存時限等真相也逐步浮現。在最終決戰中，眾人以各自方式守護著彌足珍貴的羈絆，而理樹終于學會直面內心的孤獨與恐懼。