故事以人類文明衰退后的未來(lái)為舞臺(tái)，人類因不明原因陷入出生率持續(xù)低迷的困境，百年后人口銳減至無(wú)法維持文明存續(xù)的狀態(tài)。平均身高僅十公分、擁有三頭身的高智慧生物妖精取代人類成為地球主導(dǎo)物種，它們對(duì)糖果點(diǎn)心表現(xiàn)出特殊嗜好。最后一屆高校畢業(yè)生（中原麻衣配音）繼承祖父遺志，在故鄉(xiāng)樟樹之里擔(dān)任人類與妖精的調(diào)停官，卻因雙方缺乏接觸而長(zhǎng)期處于無(wú)事可作的狀態(tài)。她轉(zhuǎn)而著手研究妖精生態(tài)，通過制作甜點(diǎn)建立交流媒介，逐步記錄下妖精社會(huì)的特殊行為模式。隨著人類聚落持續(xù)縮小，調(diào)停官見證著文明遺跡逐漸被自然吞噬的過程，在與妖精群體有限的互動(dòng)中探尋衰退時(shí)代的意義，最終目睹妖精開始占據(jù)人類廢棄設(shè)施并形成獨(dú)特文化的現(xiàn)象。