《薄櫻鬼碧血錄》承接第一季劇情，講述土方歲三率領新選組轉移至江戶后，在明治維新時代更迭的浪潮中，武士刀逐漸被槍炮取代的歷史背景下，新選組成員被迫剪短發、換洋裝以適應現代化戰爭。動畫著重刻畫土方線這條最為艱辛的敘事主線——作為德川幕府與武士道精神最后的堅守者，土方目睹了新選組從巔峰走向覆滅的全過程：近藤勇遭斬首、沖田總司病逝以及眾多戰友陣亡的殘酷現實。歷史軌跡與漫畫設定交織下，土方在鳥羽伏見之戰中率隊抵抗倒幕軍，最終于箱館五棱郭戰役中戰死，以生命踐行武士道信念。動畫通過土方視角濃縮呈現了幕末動蕩中舊時代武士集體命運的悲劇性終結。