高山我夢在擊敗根源破壞招致物體后回歸城南大學的平靜生活，其變身器Esplander已失去光之力量。然而地球再次遭遇根源破壞海神蓋酷扎姆與根源破壞飛行魚羅扎恩的入侵，XIG緊急召集我夢重組防衛體系。面對威脅升級，前作中與我夢對立的藤宮博也攜阿古茹奧特曼之力重返戰場，兩人通過對抗危機逐步重建信任。在地球本身發出的求救訊號指引下，我夢與藤宮深入根源破壞神巢穴展開決戰。最終通過光之力量的共鳴，Esplander與阿古茹圣劍恢復能量輸出，兩位奧特曼以合體技"光子螺旋斬擊"粉碎蓋酷扎姆核心，羅扎恩則被XIG空中母艦發射的超級光子導彈擊潰。戰后我夢選擇繼續以普通人身份守護地球，而藤宮則帶著對生命的新理解消失于遠方。