故事設定在一個身懷魔力的人類瀕臨滅絕的世界，武力的最高境界從使用利劍轉為魔法，最終演變為槍械時代。對魔導學園作為培養取締殘存魔力威脅的"異端審問官"機構，其學生草薙哮卻是個堅持使用冷兵器刀劍的異類。身為第35試驗小隊隊長，他帶領著由劣等生組成的"雜魚小隊"執行任務。擁有"魔女獵人"資格的精英槍械高手鳳櫻花意外加入后，團隊開始接觸被高層隱瞞的魔導遺產真相。隨著調查深入，他們發現帝國勢力正暗中利用古代魔法兵器威脅現存秩序，而鳳櫻花的真實身份竟與主角背負著跨越時空的羈絆。在對抗帝國鎮壓部隊的過程中，團隊成員通過發掘古代魔導遺產的力量逐漸成長，最終以傳統劍術、現代槍械與特殊能力的結合戰術，在解放戰線協助下摧毀了帝國的核心兵器，為魔力文明存續開辟出新的可能性。