故事描述女主角小櫻（木之本櫻）與男朋友小狼（李小狼）和其他同學(xué)從小學(xué)畢業(yè)后升上初中的故事。在一次小櫻做夢(mèng)夢(mèng)到53張櫻之卡上面的圖案都消失了，一名神秘人物出現(xiàn)之后庫(kù)洛牌都碎掉了。小櫻從這個(gè)夢(mèng)醒來(lái)翻開封印之書，發(fā)現(xiàn)庫(kù)洛牌全部變成透明的了。在與知世、小狼和艾力歐的討論下，眾人發(fā)現(xiàn)透明牌力量失控會(huì)導(dǎo)致現(xiàn)實(shí)崩壞，并確認(rèn)這是來(lái)自異世界的魔法干涉。隨著小狼因家族事務(wù)暫時(shí)離開，新角色法伊與使魔斯比的出現(xiàn)進(jìn)一步揭示了危機(jī)源頭。小櫻重新踏上了收集透明牌的故事，在不斷收復(fù)卡片的過(guò)程中逐漸接近真相，最終與回歸的小狼及同伴們共同揭露異世界魔法使的陰謀。在封印之書完成最終進(jìn)化后，小櫻成功將所有透明牌重新賦予意義，并修復(fù)了兩個(gè)世界的聯(lián)系。