故事描述女主角小櫻（木之本櫻）與男朋友小狼（李小狼）和其他同學從小學畢業后升上初中的故事。在一次小櫻做夢夢到53張櫻之卡上面的圖案都消失了，一名神秘人物出現之后庫洛牌都碎掉了。小櫻從這個夢醒來翻開封印之書，發現庫洛牌全部變成透明的了。在與知世、小狼和艾力歐的討論下，眾人發現透明牌力量失控會導致現實崩壞，并確認這是來自異世界的魔法干涉。隨著小狼因家族事務暫時離開，新角色法伊與使魔斯比的出現進一步揭示了危機源頭。小櫻重新踏上了收集透明牌的故事，在不斷收復卡片的過程中逐漸接近真相，最終與回歸的小狼及同伴們共同揭露異世界魔法使的陰謀。在封印之書完成最終進化后，小櫻成功將所有透明牌重新賦予意義，并修復了兩個世界的聯系。