新干線超進化研究所為了從誕生于“漆黑新干線”的巨大怪物體手中守護日本的未來,開發(fā)了具備變形能力的戰(zhàn)斗機器人SHINKALION。由于該機械系統(tǒng)僅能由與新干線有極高適合率的兒童駕駛員操控,幾位肩負(fù)使命的孩子們被選中,與研究所成員組成作戰(zhàn)團隊。在持續(xù)對抗漆黑新干線派出的怪物體侵襲過程中,駕駛員們逐步掌握協(xié)作戰(zhàn)術(shù)與機體進化能力。隨著戰(zhàn)斗升級,他們發(fā)現(xiàn)漆黑新干線的最終目標(biāo)是通過破壞日本主要城市節(jié)點引發(fā)國家機能癱瘓。通過整合全日本新干線網(wǎng)絡(luò)的能量,并肩作戰(zhàn)的駕駛員們成功啟動SHINKALION合體系統(tǒng),在決戰(zhàn)中徹底摧毀漆黑新干線的核心控制裝置,最終阻止了針對國家未來的威脅。