食死徒開始在麻瓜和魔法世界肆意破壞，霍格沃茨陷入內外危機。鄧不利多（邁克爾·甘本飾）帶領哈利（丹尼爾·雷德克里夫飾）找到隱居的霍拉斯·斯拉格霍恩（吉姆·布勞德本特飾），希望他接任魔藥學教授職位。鄧不利多認定霍拉斯掌握著伏地魔魂器秘密，指導哈利通過魔法記憶獲取了少年湯姆·里德爾的往事。與此同時，德拉科·馬爾福（湯姆·費爾頓飾）接受伏地魔任務，多次策劃食死徒潛入學校。羅恩（魯伯特·格林特飾）與赫敏（艾瑪·沃森飾）則沉浸在青春期的紛擾中。哈利發現混血王子舊課本中的高階魔藥知識，逐漸揭開斯內普（艾倫·里克曼飾）的真實立場。在天文塔決戰中，德拉科解除鄧不利多魔杖時露出致命破綻，斯內普現身完成奪命咒語并接任校長。臨終前鄧不利多要求斯內普兌現對莉莉的承諾，哈利則繼承尋找并摧毀伏地魔魂器的使命。