在人類將生活領域和自身欲望擴張到宇宙的時代，尋求自由的人們移民至太空居住，其文明發展逐漸對地球形成威脅。宇宙歷0156年，地球聯邦政府經歷與祖母星格蘭地瑪斯的第四次接觸（4thnote），同年正式開啟與梅杜斯子民的戰爭。為打破持續惡化的戰局，聯邦政府派出宇宙戰艦提拉米斯的王牌駕駛員——青年斯巴魯·一之瀨。作為專用機杜蘭德爾的頂尖操縱者，他表面是背負人類希望的精英戰士，實則因無法適應艦內集體生活而長期封閉于駕駛艙中。斯巴魯的異常行為源于其真實意圖：他以聯邦軍身份為掩護，試圖接觸杜蘭德爾機體深處隱藏的遠古秘密。這臺被稱為"斬擊之劍"的機體實為與梅杜斯文明同源的遺物，而聯邦政府刻意隱瞞了雙方存在共同起源的關鍵真相。隨著戰爭犧牲不斷累積，斯巴魯在執行任務過程中逐漸接近杜蘭德爾核心覺醒的臨界點。