5歲的宗介生長在海邊小城，他的家就在臨海的懸崖上。一天，宗介撿到了一個被海浪沖上岸的廢玻璃瓶，里面有條受困的小金魚。小金魚名叫波尼，她是人魚女王的女兒，偷偷駕著水母溜出來玩的時候撞進了瓶子里。宗介把波尼帶回了自己家，養在塑料盆里。波尼在宗介家過得很愉快，她很喜歡宗介，宗介也喜歡她。然而，快樂的日子很快就過去了，波尼的爸爸藤本把女兒帶回了海底。藤本原是一個魔法師，后來和人魚女王相愛成了海底的住人。波尼回家后，十分思念宗介，她做出了一個大膽的決定——她要變成人，和宗介在一起。在妹妹們的幫助下，波尼偷出了父親的法寶，向人類世界游去。不料，蘊含著危險魔力的生命之水失控了。于是，海水暴漲，暴風狂作，妹妹們變成了可怕的巨型魚，海浪向宗介一家所在的懸崖撲去。海邊小城被淹沒了，波尼沒想到自己的美好愿望竟然招來了這樣的大禍。在宗介的真摯情感感召下，波尼最終以人類之軀重生，生命之水引發的災難隨著兩人命運相連而平息。