十歲孤女瑪麗·倫洛克斯因霍亂失去雙親后，被迫前往約克郡姨夫阿奇博爾德·克萊文的莊園生活。在陰郁古宅中，她意外發現被封十年的秘密花園，并與農家男孩迪肯及其病弱的表弟柯林共同開啟重建之旅。三人通過照料花園與自然互動，逐漸治愈了彼此因創傷導致的性格缺陷：瑪麗擺脫了驕縱冷漠，柯林克服了對死亡的恐懼并恢復行走能力。花園復蘇的同時，姨夫在亡妻忌日目睹兒子健康重生，最終打破自囚十年的心理桎梏與孩子們相擁。這場跨越階級的純真友誼，以魔法般的力量完成了對莊園三代人的精神救贖。