西歷5012年。突然入侵地球的＜外星人＞與其制造的＜機械生物＞導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，為了奪回地球，利用＜人造人＞士兵展開反攻作戰。然而無限增加的＜機械生物＞阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。作為最終兵器，人類派遣新型人造人＜寄葉＞部隊至地球。剛被派往地球的＜2B＞與先行調查員＜9S＞會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神秘難解的現象。隨著調查深入，兩人逐漸發現戰爭本質是外星人AI創造者與守護者的永恒內斗，而寄葉部隊的任務隱藏著導致人造人自我意識覺醒的致命真相。這是關于為人類而戰，無生命＜人造人＞的故事－－PS：Automata指的是“自動人形”，別再機械紀元求求了。