失去心愛的女人瑪麗后，波恩（馬特·戴蒙飾）在巴黎隱匿療傷，卻不斷被零碎記憶困擾。中情局派出的殺手接連追殺迫使他展開反擊，通過追蹤資金流向，波恩先后輾轉(zhuǎn)莫斯科、馬德里、倫敦和丹吉爾等地。在破解密碼的過程中，他逐漸揭露中情局代號"踏石行動"的秘密計(jì)劃，并發(fā)現(xiàn)自己的真實(shí)身份是該組織培養(yǎng)的特工亞倫·克羅斯。當(dāng)波恩追查到現(xiàn)任中情局局長潘德拉門特時，發(fā)現(xiàn)對方正是策劃瑪麗死亡的幕后黑手。最終在紐約的對峙中，波恩通過公開行動證據(jù)迫使政府介入調(diào)查，徹底終結(jié)了"踏石行動"及其執(zhí)行者循環(huán)報復(fù)的宿命。