突襲世界的大災難“第二次沖擊”后，人類在廢墟之上重建文明。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡召喚至第3新東京市，卻目睹名為“使徒”的巨大生物與軍隊激烈交戰。特務機關NERV的作戰部長葛城美里將真嗣救下，帶往其父統領的NERV總部。等待他的卻是父親冷酷的命令：駕駛被稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒作戰。盡管最初拒絕，但當真嗣目睹重傷的初號機替補駕駛員綾波麗后，最終接受任務。從未受過作戰訓練的少年，在初號機駕駛艙內經歷暴走危機，最終憑借本能與同步率突破完成對第七使徒Sachiel的殲滅作戰。這場勝利背后，“第二次沖擊”所隱藏的“人類補完計劃”悄然啟動，而掌握所有答案的碇元渡始終冷眼旁觀，仿佛一切皆在預設軌跡之中。