江戶時代，神秘武士攜妖刀"紅櫻"挑戰(zhàn)桂小太郎（石田彰配音）后消失，桂的寵物伊麗莎白（高松信司配音）向萬事屋求助。與此同時，銀時（杉田智和配音）受命追查紅櫻下落，與新八（坂口大助配音）、神樂（釘宮理惠配音）共同調(diào)查空中飛艇。這艘游離于幕府管轄的巨型戰(zhàn)艦上，高杉晉助（子安武人配音）正率領(lǐng)鬼兵隊實施復(fù)仇計劃——他曾是攘夷志士，卻因目睹戰(zhàn)友慘死而墮入黑暗。銀時在飛艇內(nèi)遭遇舊識高杉的致命挑戰(zhàn)，發(fā)現(xiàn)紅櫻妖刀竟能吸收使用者生命能量。真選組近藤勛（大冢芳忠配音）、土方十四郎（中井和哉配音）率隊突襲飛艇，多方勢力在密閉空間展開混戰(zhàn)。瀕臨崩潰的銀時被高杉刺穿腹部，卻借爆炸沖擊逆轉(zhuǎn)戰(zhàn)局，在千鈞一發(fā)之際將失控飛艇引向郊外。劇場版新增真選組與鬼兵隊的立體交鋒，強(qiáng)化了江戶勢力對抗恐怖分子的核心沖突。