時(shí)間是2045年，故事發(fā)生在日本制造的太空站"安心"。月球出生的少年登矢與兒時(shí)玩伴心葉為適應(yīng)地球重力在此進(jìn)行復(fù)健訓(xùn)練，意外與首次前往宇宙的地球少年大洋、美衣奈及博士共同遭遇太空站與彗星碰撞事故。在與地面指揮中心失聯(lián)、網(wǎng)絡(luò)中斷的封閉空間中，五名少年少女時(shí)而因觀念差異產(chǎn)生沖突，又在減壓危機(jī)、宇宙空間外泄作業(yè)（EVA）和納米機(jī)械失控等接連險(xiǎn)境中被迫協(xié)作。他們通過(guò)跨星球成長(zhǎng)背景的知識(shí)互補(bǔ)，逐步掌握太空站核心控制系統(tǒng)，在修復(fù)生命維持裝置時(shí)意外發(fā)現(xiàn)彗星撞擊殘留的未知礦物，最終借助該物質(zhì)特性重建通訊系統(tǒng)。全員在地面救援抵達(dá)前完成關(guān)鍵操作，這段經(jīng)歷促使登矢決定留在太空發(fā)展，大洋則帶著對(duì)宇宙的新認(rèn)知返回地球。