明朝末年,武當派數位高手遭神秘殺害的懸案未解。昔日遺孤耿玉京在武當山成長為俗家弟子后,與挑戰武當的東方亮因比武結緣。隨著泰昌帝服用武當紅丸暴斃事件爆發,新任掌門突然對耿玉京施壓,迫使其攜帶父親遺物下山避禍。在江湖游俠鄭鐵崗祖孫協助下,耿玉京以調查父母遇害真相為線索,逐步揭開武當內奸與朝廷勾結的黑幕。期間他邂逅少林僧人慧可、斷魂谷主盧象升及昆侖派西門燕等武林人士,更因機緣與遼東建州首領努爾哈赤建立深厚交情。隨著調查深入,耿玉京發現父母之死與努爾哈赤覬覦中原的戰略直接相關。最終,耿玉京攜東方亮及江湖同道重返武當,在挫敗內奸篡奪掌門權謀的同時,將紅丸案真相公之于眾。這場橫跨三十年的血仇終以武當正統重歸、叛徒伏誅而塵埃落定。