在第二季中，湯姆·萊利飾演的達芬奇為拯救陷入薩帕茲家族陰謀叛亂危機的佛羅倫城，與受重傷的洛倫佐并肩對抗來自羅馬勢力的侵襲。達芬奇突破身心極限，在軍事防御與政治博弈中展開行動。美第奇家族同時面臨教皇亞歷山大六世策動的新一輪威脅，后者派遣冷酷將領瓦洛里奧執行顛覆計劃。達芬奇繼續追尋神秘典籍《葉之書》，逐步揭開母親卡特琳娜的真實身份——被掩蓋的奧斯曼帝國公主血脈，以及她與該書關聯的秘密。隨著探索深入異國他鄉，達芬奇遭遇比前任教皇更強大的對手，并直面奧斯曼宮廷的權力斗爭。他的冒險不僅重塑對世界格局的認知，更迫使他重新審視自身血統與過往羈絆，在科學、藝術與權謀的漩渦中推進未竟使命。