福來（JeffPace配音）是一個十三歲的小男孩，某日，調皮的他帶著妹妹史黛拉（MichelleWesterson配音）和堂兄恰克（亞倫·保爾AaronPaul配音）一起溜出去玩。史黛拉在無意之中喝下了邪惡博士馬琪爾（特瑞·瓊斯TerryJones配音）所發明的能夠將人類變成海星的藥物，并被不知情的福來丟進了海中。為了拯救史黛拉，福來和恰克決定喝下另一種能夠將人類變成魚的藥物，一同進入大海。就這樣，福來和恰克開始了他們在浩瀚海洋之中的奇妙旅程，兩個男孩只有四十八個小時，時間一過，他們將永遠保持魚的形態，再也無法回到父母的身邊。與此同時，一條名叫約翰（阿倫·瑞克曼AlanRickman飾）亦喝下了神奇藥物，擁有了和人類無二的智慧，它組建了一支軍隊，試圖通過控制海洋生物基因序列實現統治整個海洋王國的野心。福來與恰克在尋找解藥的過程中意外發現約翰的陰謀，被迫在營救親人和阻止災難之間做出抉擇。最終三人在海底火山爆發引發的基因紊亂中協力化解危機，史黛拉在時限前恢復人類形態并全員脫險。