《乃木坂電影院～STORYof46～》以十集單元劇形式呈現不同題材的獨立故事：首集齋藤飛鳥飾演服裝設計師米特拉，在人類與鵜人共存的世界中邂逅傳統工藝師麥，因族群對立危機激發創作潛能；第二集秋元真夏化身大學生夏海，在近未來虛擬游戲“PerfectI”中經歷理想與現實身份的界限消融；第三集松村沙友理偶遇漫畫幻想角色超魔空騎士阿爾卡迪亞斯，展開跨次元情感糾葛；第四集山下美月經營的“民主主義定食屋”以多數表決決定菜品，在搶劫案危機中考驗顧客抉擇；第五集北野日奈子作為花瀨高中結道部成員，為實現全國大賽夢想突破性別角色束縛；第六集堀未央奈以時薪6000日元AD身份，在奪回電視節目母帶過程中揭露幕后黑手圖吉的陰謀；第七集與田祐希因身高自卑放棄所愛，以“影響力者”身份重啟人生；第八集生田繪梨花為接近暗戀對象策劃生日計劃，引發連鎖烏龍事件；第九集久保史緒里以高智能機器人梅西亞身份，在警車中見證科技社會的矛盾；第十集白石麻衣被迫照看出租車司機遺留孩童，意外開啟水族館之夜的溫情邂逅。全劇通過多樣化類型片展現社會議題與人性探索，每集均包含完整起承轉合，并行呈現科技倫理、文化沖突、自我認同等主題。