整部電影講的故事并不復雜，一位很少能得到父母關愛的小女孩，在內心極度寂寞的情況下 ，引發了一系列的危機，“精靈寶可夢”系列我一直稱不上喜歡，但是也一直都在看，因為劇情一直都挺好的，所以就一直有在看下去，故事中的小女孩叫小米，父親癡迷于研究未知的精靈，還為此跟妻子、也就是小米的母親都分居了，最近正在調查一個關于一個未知精靈炎帝的遺跡，本來父親還在跟小米玩得好好的，結果助手一個電話打過來，父親前去遺跡，翻譯遺跡中出現的秘文，卻不料被遺跡給吸了進去，父親神秘失蹤，只留下了一本秘文書給小米。 小米通過神秘的符咒召喚出了傳說中的精靈，炎帝，小米曾經跟父親說過炎帝，父親也說自己也許有一天會變成炎帝，小米認為炎帝是父親變的，所以就喊他是父親，而炎帝被召喚出來就是為了實現小米的愿望的，他表示如果這個就是小米的心愿，他也會實現的，因為炎帝的出現，所以小米家四周逐漸被結晶所侵占，而且這個結晶還在不斷蔓延，有想要侵占全世界之意，另一邊，小智一行人，也在朝小米她們家所在的城鎮而去，在路上，小智還通過精靈決斗認識了一位精靈訓練師，因為恐怖的結晶蔓延，小智的爺爺，還有小智的母親，以及一眾研究小精靈的人，都開始趕往現場。 有了炎帝這個父親，小米還想要個母親，炎帝為了實現小米的愿望，就劫走了小智的母親，小智當然是不能同意，帶著自己一男(小剛)一女(名字我忘了，姑且稱之為女主)兩個同伴，就前往結晶塔去救母親了，進入結晶塔并不容易，小智用火水雙重壓制才成功打破了結晶之墻 ，跟隨著小智一行人的火箭隊認為塔中可能有寶物也跟著進去了，小智一行人進來了，小美自然是全力阻攔，因為她不希望現在自己想要的生活被打破，小米現在有父親、有母親，她覺得有人陪著她就很開心了，小米又覺得小智他們是很優秀的訓練師，想和他們玩精靈決斗，炎帝自然是全力支持，小剛和女主都沒有打過小米，小智成功來到母親身邊，而母親其實早就醒過來了，她也勸小米要離開，待在自己的世界里，永遠找不到真正的朋友，小米的內心也動搖了，她要離開，關鍵時刻，小智的朋友噴火龍也趕過來救場，可是符文卻失控了，最后是炎帝拼勁力氣，才使得一切又恢復正常，然后炎帝消失了，結晶侵占的狀況解除了，小米的父親又回來了，認識到自己錯誤的小米父親還找回了小米的母親，小米有了自己的數碼寶貝熊寶寶，還有了很多的朋友，再也不孤單了，或許有的時候，身為父母真的應該多陪陪自己的孩子吧，這樣子的話，孩子也不會因為孤單和寂寞去做什么不該做的事情，父母對孩子的愛永遠不該缺失，這部劇場版的主題真的很好。 完。