2285年，在與可汗的戰(zhàn)斗中受損的聯(lián)邦星艦進取號返回地球維修。柯克因斯波克之死陷入悲痛，麥科伊卻出現(xiàn)異常行為并被送醫(yī)檢查。星際艦隊將進取號調(diào)往精進號，同時禁止進入新生的創(chuàng)世星。斯波克之父沙瑞克告知柯克，必須將遺體帶回瓦肯星安葬，而與斯波克完成心靈融合的麥科伊也必須同行。面對艦隊拒絕放行，痊愈后的麥科伊策劃營救行動，與柯克、斯科特、蘇魯?shù)热藦娦姓饔眠M取號，并破壞精進號引擎后啟程。同期，克林貢人得知創(chuàng)世計劃意圖奪取該星作為武器，克魯格船長率艦隊攔截。在創(chuàng)世星軌道，戴維·馬庫斯博士與莎維可發(fā)現(xiàn)幼年斯波克遺體失蹤，地面探測顯示存在快速成長的生命信號。克林貢人摧毀葛瑞森號并俘虜戴維、莎維可及少年斯波克。進取號遭敵艦重創(chuàng)后，柯克啟動自毀程序與敵同歸于盡。幸存者傳送至創(chuàng)世星擊潰殘余克林貢部隊，營救人質(zhì)時戴維不幸身亡。借助創(chuàng)世星能量，斯波克遺體完成重生并迅速成長至原有年齡。撤離時不穩(wěn)定的星球開始坍縮，眾人奪取猛禽艦逃往瓦肯星，在沙瑞克見證下通過浮圖邦術(shù)將斯波克靈魂從麥科伊意識中分離歸位。蘇醒的斯波克在記憶回溯中詢問眾人冒險相救的緣由，柯克答以"犧牲小我，成全大我"的信念。