印第安納瓊斯博士與中國上海黑幫交易努爾哈赤骨灰時遭遇背叛，危急時刻被雜耍少年豆丁與歌女威莉合力解救。三人乘飛機逃離時遭遇墜機事故，跳傘后漂流至印度某村莊。當地正經歷嚴重旱災，村民指控彭高皇宮的邪教組織擄走圣石與孩童導致天譴。瓊斯等人被誤認為預言中的神靈化身，被迫深入戒備森嚴的魔宮營救孩童并奪回圣石。皇宮內不僅有食人蟒蛇、機關密道，更存在著以孩童鮮血獻祭邪神的黑暗儀式。瓊斯發現所謂圣石實為象征印度教三位一體的潘查拉杰鉆石，邪教首領莫哈納企圖通過血祭污染圣石以控制當地。經過連環陷阱與斗智較量，瓊斯成功摧毀祭壇核心，使被囚孩童蘇醒并奪回鉆石。河水隨即恢復流通灌溉系統，瀕死村莊重現生機。最終瓊斯帶著威莉與豆丁乘坐英國軍官駕駛的飛機離開印度，三人形成超越血緣的家庭關系。