在都市內出現連續女性被殺事件，警方調查發現兇手是異形怪物。主角風祭真因頻繁夢到相關場景而備受困擾。其父是遺傳學研究所的科學家，風祭真自愿成為治療絕癥的實驗品，卻被瘋狂科學家鬼塚用于實施危險的Lv3遺傳因子操作實驗，意外變身為生化戰士“真·假面騎士”。鬼塚背后的真正勢力是企圖將風祭真改造為軍事武器的神秘組織“財團”。獲得超能力后，風祭真識破實驗真相并逃離財團控制，在調查案件過程中與該組織派出的超級改造戰士豪島展開激戰。真最終在決戰中擊敗豪島，但因體內基因不穩定而面臨生命威脅，同時發現財團仍在暗處策劃更大陰謀。