戰國時代，為了成長成為一名出色的忍者，貧民之家的少年亂太郎（加藤清史郎飾）進入一流的忍術學園學習。就讀于一年葉組的亂太郎結識了好吃貪睡的新兵衛（木村風太飾）、干著多份兼職的孤兒霧丸（林遼威飾）等同齡伙伴。小忍蛋們在緊張有趣的日常學習中屢鬧笑話，卻意外卷入四年葉組齊藤鷹丸（溝口琢矢飾）與父親齊藤幸隆（鹿賀丈史飾）遭刺客萬壽鳥（竹中直人飾）、土壽鳥（石垣佑磨飾）襲擊的事件。隨著沖突升級，稗田八方齋（松方弘樹飾）率領的毒竹忍者隊以奪取學園秘傳書為目標展開全面進攻。面對裝備精良的敵人，忍術學園師生依托傳統忍術與團結精神展開防御。在守護與突襲的對抗中，亂太郎團隊意外發現敵方弱點，最終通過協作成功阻止陰謀。當打鳴寺的鐘聲被敲響時，這場考驗學園存亡的危機宣告結束。本片改編自尼子騷兵衛連載26年的國民漫畫《落第忍者亂太郎》。