《遠古入侵第二季》因時間線改變引發角色重組。Lucy Brown飾演的Claudia消失，由Jennifer取代表明同一人物身份隨歷史變遷而重塑。新加入的Oliver Leek成為Lester助手，此角色被暗示為本季核心威脅，其真實意圖與時間異常點的關聯逐漸浮現。Connor邂逅新女友Caroline Steel，這位對古生物研究充滿敵意的女性不僅企圖排擠前季角色Abby，更被揭露暗中協助Oliver執行某個隱秘計劃。劇情圍繞異常時空裂縫引發的史前生物危機展開，團隊成員在應對生態災難的同時面臨內部信任危機。Jennifer作為Claudia的時空映射體，在適應身份轉變過程中逐漸掌握關鍵線索，而反派勢力對異常現象的操控企圖最終與主角團形成正面沖突。所有人物關系變動均植根于時間悖論產生的連鎖反應，各方勢力圍繞時空法則展開的較量貫穿全季。