時間來到最終決戰的兩年后，在本應已迎來和平的地球上，怪獸們再度傾巢而出。與此同時，世界各地相繼發生了各種入侵超古代遺跡的事件。而GUTS-SELECT（精英勝利隊）也迎來了新的隊長——時岡（中村優一飾），眾人開啟了調查。一場關乎宇宙前途命運的鏖戰就此拉開序幕。挺身而出的GUTS-SELECT、前來馳援的澤塔奧特曼還有身處戰斗中心的特利迦奧特曼面前出現的是渾身散發著不祥之氣的影之繼承者——邪惡特利迦。隨著調查深入，眾人發現超古代遺跡中隱藏的暗黑能量正被未知勢力系統性掠奪，而伊格尼斯的真實身份與黑暗特利迦的關聯逐漸浮出水面。為阻止暗黑能量核心被激活導致宇宙崩壞，特利迦奧特曼、GUTS-SELECT的隊員們以及夏川遙輝/澤塔奧特曼（平野宏周飾）、伊格尼斯/黑暗特利迦（細貝圭飾）在多重次元展開決戰。最終通過光之力量與人類意志的融合，成功將邪惡特利迦封印于時空裂隙，同時伊格尼斯在關鍵時刻的抉擇為超古代遺跡核心注入新生能量，暫時平息了這場跨越光與影的危機。