美國一艘深海潛水艇在運送超級軍事物品時突然遭遇不明襲擊，導致通訊中斷并失蹤。兩個月后，潛艇意外出現在距離加州海岸60英里處的海域。為追查失蹤原因并奪回軍事機密，政府派遣海洋生物學家榮恩博士與特種部隊女軍官米歇爾組成聯合調查組登艇勘察。兩人發現潛艇內部布滿抓痕與血跡，絕大多數船員離奇死亡，僅剩一名神志不清的幸存者反復呢喃"它回來了"。隨著深入調查，他們逐步揭開潛艇曾觸發深海異常能量場的真相，并在幽閉艙室中遭遇具有擬態能力的未知生物襲擊。最終榮恩博士利用聲吶裝置制造高頻共振擊退怪物，與幸存者共同引爆潛艇后乘坐救生艙脫險。