21世紀(jì)初人類放棄地球啟動(dòng)阿拉特拉姆移民計(jì)劃，但歷經(jīng)二十年失敗后被迫重返母星。時(shí)空歪曲使他們來(lái)到兩萬(wàn)年后的地球，主人公晴男與異星種族埃克西弗、比爾沙爾德共同實(shí)施謀劃二十年的"對(duì)哥斯拉戰(zhàn)術(shù)"，在浴血奮戰(zhàn)中成功擊倒初代哥斯拉。然而地下沉睡的三百米巨獸"哥斯拉·地球"蘇醒，徹底摧毀人類防線。瀕死之際被弗圖亞族少女米亞娜所救的晴男，得知這是人類后裔面對(duì)終極威脅的最后機(jī)會(huì)——曾孕育文明的土地已被納米金屬構(gòu)筑的機(jī)械神殿覆蓋，所有反抗者皆被熔于哥斯拉之焰。比爾沙爾德指揮官加爾格發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵線索：弗圖亞使用的金屬箭頭與二十世紀(jì)未完成的機(jī)械哥斯拉同源，證明富士山基地遺跡仍在地球上某個(gè)角落沉睡。