在曠日持久的世界大戰后，城市中遍布著因不同原因接受機械化改造的"擴張者"。科技公司貝琉連憑借戰爭對高科技兵器的需求迅速崛起，通過操控擴張技術成為壟斷勢力。隨著過剩擴張者引發的社會危機加劇，政府成立EMS（擴張者對策局）與貝琉連形成制衡。故事圍繞頭部為左輪手槍的過剩擴張者乾十三展開，他以"處理屋"身份承接各類擴張者案件。某次涉及貝琉連秘密實驗的綁架案，意外牽扯出乾十三作為該公司初代實驗體的身份真相。隨著貝琉連非法改造人類的陰謀逐步曝光，乾十三在搭檔兼EMS特工七尾彌生的協助下，揭露了企業利用記憶改寫制造擴張者的黑暗計劃。最終在與貝琉連特務部隊的對抗中，乾十三選擇繼續作為處理屋游走灰色地帶，在維護社會秩序與守護人性之間尋找平衡。