在空中漂浮著眾多島嶼的空之世界中，少年格蘭與會說話的羽蜥碧生活在信奉神秘的島嶼賽克汀瑟。某天，他們遇見了從軍事國家艾爾斯提帝國逃出的謎之美少女露莉亞。為逃離追捕，格蘭帶著父親遺留的寫著"在星之島伊斯塔魯西亞等著"的書信，與露莉亞共同踏上旅程。格蘭是持續鍛煉且樂于助人的少年，因與露莉亞的相遇離開故鄉；露莉亞擁有駕馭星晶獸的能力，曾被帝國幽禁研究。碧作為格蘭自幼相伴的搭檔，雖貪吃蘋果卻反感被當作蜥蜴對待。原帝國騎士卡塔莉娜因發現利用露莉亞的真相而倒戈，將她視為妹妹保護；操舵士拉卡姆雖因事故陰影拒絕駕艇，卻在同伴感召下重新掌控飛艇"騎空艇"。眾人對抗帝國追兵的過程中，逐漸揭開星之島與古代遺物相關的秘密，并在集結更多伙伴的歷程中逼近世界真相。