《隕落星辰第二季》承接第一季結尾Tom被外星勢力Espheni俘虜的劇情，故事從其失蹤三個月后展開。在Tom缺席期間，曾效力反抗軍的流浪者John Pope意外接管了2nd Massachusetts團的實際領導權，并建立起更為強硬的統治體系。本季首播即呈現Tom成功逃脫外星人控制后，與作風激進的Pope在抵抗策略上的理念沖突——前者堅持保留人類文明根基，后者主張采取極端手段求生。隨著Skitters與Espheni持續升級的軍事壓制，幸存者陣營內部圍繞領導權展開激烈博弈。Tom試圖重建統一戰線的同時，被迫向外星審訊者揭示人類反抗精神的核心驅動力這一關鍵信息，而該舉動可能動搖現有陣營的脆弱平衡。